מקור חובת המחיצה בבית הכנסת אינו ברור כל כך. נכתבו על כך מאמרים רבים, וזה כנראה יונק מההפרדה הפיזית שנעשתה בבית המקדש, אולם לא ברור עד תום כיצד התפתח הדבר לחובת מחיצה.
ואף על פי כן, כתבו רבים מגדולי ישראל בדור הקודם, שזו חובה מדאורייתא ! ביניהם הרב סולובייצי'ק זצ"ל, ואחרים. הסיבה לכך כנראה היא שכמו דברים רבים – זה כבר נהפך לסמל (ראה את היחס לכיסוי ראש של גברים) וליסוד מאפיין של בית כנסת, ולכן אסרו לחלוטין להתפלל בבית כנסת ללא מחיצה, אפילו במחיר (לדוגמה) של אי שמיעת תקיעת שופר וכדו'.